Протестантските идеи в Шотландия имат дълбоки исторически корени от времето на Джон Уиклиф и последвалото движение на лолардите.
Като първи проповедници с реформаторски възгледи и мъченици на вярата в Шотландия през ХVІ век могат да се посочат Патрик Хамилтън и Джордж Уишард. Но за утвърждаване на Реформацията в Шотландия най-ярко изпъква приносът на Джон Нокс (John Knox – 1514-1572). Нокс следва богословие в университета на Сейнт Андрюз, а след това е ръкоположен като католически свещеник през 1536 година. Скоро след това открива и приема реформаторските идеи.
По време на първата вълна от преследвания срещу протестантите в Шотландия решава да емигрира. През 1549 година постъпва на служба в Англия към двора на крал Едуард VІ като военен капелан. Това дава възможност да окаже голяма помощ при редактирането на второто издание на Всеобщия молитвеник (Book of Common Prayer). Когато Мария Тюдор заема трона и възстановява католическата традиция, той е принуден да напусне поста си и заминава за Женева. Там прекарва 4 години. Установява тясна връзка с Жан Калвин от когото възприема по-систематичен подход в богословието. Същевременно той е по-радикален в разбиранията си за отношението църква – държава от Калвин и по този въпрос се приближава до позициите на Цвингли. Според него, когато един управител или крал наруши Божиите заповеди, той подлежи на смъртно наказание.
Джон Нокс се завръща в Шотландия през 1559 година и на 11 май същата година проповядва в църквата „Св. Йоан” в Перт против „католическото идолопоклонство”. Неговите проповеди разпалват гражданското недоволство и довеждат до революционни действия в много области на страната. През месец август 1560 г. шотландският парламент поставя на разглеждане религиозните въпроси. Нокс и петима негови сътрудници редактират т. нар. Шотландска изповед на вяра, която парламентът утвърждава. Малко по-късно парламентът издава три важни указа: с първия се прекратява юрисдикцията на папата в Шотландия, с втория се осъжда всяка доктрина и практика, която противоречи на реформаторското учение, а с третия се забранява изрично отслужването на католическата меса. Нокс и неговите сътрудници редактират и издават „Книга на дисциплината” с която се определя редът на протестантското богослужение и управление на църквата. По този начин протестантството от презвитериански тип се установява като държавно вероизповедание на Шотландия. Същевременно местните църкви получават право да изберат свободно свой пастир, но веднъж избран те нямат право да го уволнят. Всяка енория трябва да бъде по възможност самоиздържаща се. Епископите се заменят с ръководно тяло от десет до дванайсет суперинтенданти. Предвижда се широко изграждане на широка мрежа от училища.
Джон Нокс работи по издаването на История на Реформацията, която добива широка популярност и напътстваща роля за разбиране на реформаторския възглед.
Умира през месец ноември 1572 година. Той никога не е бил много силен и здрав физически, но няколко трагични събития като че ли разклащат допълнително здравето му. Негов приятел, граф Мореи, е убит. Съобщенията за клането на протестантите в Париж във Вартоломеевата нощ му причинява силна душевна болка. Това и изтощителната му дейност като полемист, проповедник и преподавател в университета ускоряват неговия край.
